2005年11月28日

【分子模型】アントシアニン

69033226.JPGついにやってしまった。アントシアニン!
(サルビニアンsalvianin;ペラルゴニジン-3,5-ジグルコシドがカフェー酸でアシル化されたもの)
安田齊『花色の生理・生化学』24ページより)

アントシアニンってのは,植物色素の一種です。
花の色が赤いのは,このひとのおかげです。

今までの私の分子模型ライフの中でも、最大級です。
でっかいです。
これくらいでかいと、達成感がありますねぇ。


【後日談】
大学の実験レポートの「付録」として,提出しました(^^;)。
大学でも,分子模型講座を開いて,
このたのしさを伝えたいなーと,前から思ってます。

しかし,なかなかキッカケがないんだなぁ。  

Posted by gandhi at 09:03Comments(0)TrackBack(0)分子模型

2005年11月04日

【分子模型】クレアチンリン酸

c994aaed.JPG朝の6時に起きてクレアチンリン酸を作っているわたしの人生ってどーよ?
と、思わんでもない。

師匠からの追加注文。
クレアチンリン酸なんて,高校生物でやった記憶がないんだけど,
新課程になって入ったのかなぁ……

構造式はLaTeX で化学構造式 --- XyMTeX の紹介というページを参照しました。
コンフォメーションがちょっと自信ない。

【WS講師修業】今後の出没予定でも書いた通り,
今週末は,大道仮説実験ワークショップの修業と打ち合わせ,研究開発のために,
名古屋に行ってきます。実家にも寄れるかな。  
Posted by gandhi at 07:57Comments(0)TrackBack(0)分子模型

2005年10月12日

【分子模型】《もしも原子が見えたなら》の分子たち

33712b3d.JPG仮説実験授業の授業書《もしも原子が見えたなら》に出てくる分子たち
…の二億倍分子模型(+α)。

カラフルでいいです。
ぴかぴかえのぐは、やっぱきれいだわー。
斎藤一郎さんの資料を読みながら作りました。
田中一成さんのサイトも,参考になると思います。

実は、アルゴンが抜けてます。
ハンズに40mm80mm球さ、買いにいくっぺか。

えりこさん、今週中には発送しま〜す。  
Posted by gandhi at 09:10Comments(2)TrackBack(0)分子模型

2005年10月09日

【分子模型】ピロール,尿酸

4b15c0eb.JPG

五員環の練習用に,Scillaの記事を見ながら,
ピロール(下)と尿酸(上)を作りました。

尿酸は,線対称で,色味もよく,なかなか美しい分子ですねぇ。
ハトの糞なのに(^^;)。

ピロールは,ヒトデのようです。

分子たちがかわいく見えてきたら,
あなたも立派な分子模型職人! (^^;)  
Posted by gandhi at 15:08Comments(0)TrackBack(0)分子模型

【分子模型】ATP(アデノシン三リン酸)

329238ab.JPG

2億倍のATP(アデノシン三リン酸)です。手強かった。
(奥にちっちゃく見えるのは,練習で作った1億倍)

生物のエネルギー生産・消費において,
最も重要な分子です。

右下のオレンジ(リン:P)と赤(酸素:O)の部分が,
「高エネルギーリン酸結合」というのになっていて,
この部分のリン酸をつけたり外したりすることで,
生物は,エネルギーを封じ込めたり取り出したりしているのでした。

このへんは,きちんと語るとおもしろいのですが,
余力と実力がないので,またの機会に。  続きを読む
Posted by gandhi at 15:07Comments(1)TrackBack(0)分子模型

2005年10月05日

【分子模型】スペルミジン

e3d0e327.JPG


本文の記事かいてたら,クラッシュして消えてしまいました。
書き直す気力がないので,寝ます。おやすみなさい。

明日,Kニシくんに見せてあげよう。

スペルミジンなんてマイナーな分子の分子模型,
いま,世界に何個あるだろうか。
もしかしたら,世界にこれ1コじゃないだろうか。

少なくとも発泡スチロール球のスペルミジン分子模型を作ったのは,
おそらく,世界でぼくがはじめてだろう。
あぁ,今日も世界レベルの業績をあげてしまった。

そう考えると,たのしい。(^^;)


こんな使える技術を教えてもらった師匠と,
角度定規の開発者,山田正男さんには,たいへん感謝である。

たのしい気分のまま,眠ることとする。  続きを読む
Posted by gandhi at 23:15Comments(2)TrackBack(0)分子模型

2005年09月30日

【分子模型】リン脂質

0e0a7339.JPGでけたー!

「足長おじさん」こと,リン脂質です。細胞膜の構成成分。
基本的には,セッケン系です。

我々の細胞を仕切っている膜は,
このリン脂質が2重に並んだ,「脂質二重層」というものでできているのだ。
(追記:こんな感じ
まぁようは,
シャボン玉の膜がちょっと分厚くて丈夫にできてる,と思いねぇ。


コリンとリン酸のくっついた「頭」に,
グリセリンの「胴体」,
そして油の「足」が2本。

足のうち一本は,折れ曲がっている。
これは,C−Cの二重結合(シス型)があるから。
(他のまっすぐな部分は,みんなC−Cの一重結合)

この折れ曲がりによって,
リン脂質同士のすきまが大きくなり,分子間力が小さくなる。
すると,結合が弱くなるので,
リン脂質の集合は,固まりにくくなる。

細胞膜がラードやマーガリンみたいに固まってしまうと,
細胞としては非常に困る。
ドロドロでもタラタラでもなくて,
ちょうどいい具合のねばりぐあいであることが,必要なのだ。

だから細胞は,このリン脂質の足をその都度取り換えて,
「折れ曲がり度」を調整することで,
リン脂質の密度を調整し,
常に,細胞膜の適度な粘性を保っているのだ。

まことに,うまくてできているのであった。  続きを読む
Posted by gandhi at 22:29Comments(2)TrackBack(0)分子模型

2005年07月25日

【分子模型】リブロース-1,5-二リン酸(RuBP)

c42c7613.JPGなかなかの大物、リブロース-1,5-二リン酸(RuBP)(左)。
かなり点対称に近い構造をしている。
午前中に作ったホスホグリセリン酸が、上下に2個くっついている感じ。

それもそのはず、実際の植物体内の反応でも、
RuBPに二酸化炭素をくっつけて2分子のPGAにする、
という反応が行われているのであった。
分子模型でそれを強く実感。

【追記】
今回,リン酸の末端の処理がわからなかったので,
以下のサイトを参考にさせていただいた。

Sze-Ling Ng's Homepage:The Calvin Cycle Players
 http://www.msu.edu/~ngszelin/calvin_cycle_players.htm


Michigan State UniversityのSze-Ling Ngさん,ありがとう!
  続きを読む
Posted by gandhi at 18:18Comments(2)TrackBack(0)分子模型

【分子模型】3-ホスホグリセリン酸(PGA)

76a598b0.JPGパソコン作業に疲れたので、気分転換に分子模型。
3-ホスホグリセリン酸(PGA)。

光合成のカルビン=ベンソン回路の,肝になる反応にかかわる分子である。
酸素(赤)が多い。いかにも燃えやすそうな分子である。
また、水素が一つ余った(写真左下参照)。
したがって、こいつは電荷を帯びていることが分かる。
お昼のあと、RuBPを作ろう。  
Posted by gandhi at 12:34Comments(2)TrackBack(0)分子模型

2005年07月03日

【分子模型】コハク酸&オキサロ酢酸

050703_1513~01.JPG左:コハク酸……点対称の、すなおな分子
右:オキサロ酢酸……コハク酸がさらに酸化されてる。
こやつもC=Oの二重結合が並んでいる。クエン酸回路も終盤。


しんどくなってきたのと,リンを塗り忘れていたので,
とりあえず今日はここまでとしました。リンは今日中に塗っておこうっと。

あと師匠から注文されたのは,
光合成のRuDPと,リングリセリン酸,ATP,
それと1億倍のリン脂質とクロロフィルです。
ATPが,ちょっと手強そうです。

1億倍は手元に球がないので,また買ってこなければ。
明日の空きコマに,浅草橋に行くっス。  続きを読む
Posted by gandhi at 15:19Comments(0)TrackBack(0)分子模型